1989年10月1日，华侨学校产业受托会将校地捐献给独立大学有限公司，作为建立华文高等教育中心用途。

1993年12月19日，独大独中加影行政楼落成，充作董总行政处之用。

1994年8月27日，董教总教育中心(非营利)有限公司正式将《新纪元学院申办书》呈予教育部。

1997年5月28日获得教育部批准开办新纪元学院，同年10月28日获得雪州教育局批准注册。1998年3月1日学院举办第一届新生入学开课礼，第一批学生共148人，当时开设的科系有商学系、资讯工艺系及中国语言文学系。

在180多年漫长的马来西亚华文教育历史中，新纪元学院的创办可说是1980年南洋大学被关闭、1982年申办独立大学官司败诉后，华教的另一个新起点。至此，我国华社实现从小学、中学至大学完整母语教育体系的夙愿方得以露出曙光。

1997年 5月28日获得教育部批准开办，同年10月28日获得雪州教育局批准注册，希望有朝一日能提升为大学，以实现从小学、中学至大学的完整母语教育体系。因此，新纪元学院的创办，是继南洋大学的关闭、申办独立大学不成之后的华教新契机，对马来西亚华教运动的发展有着重大意义。

2001年更成立筹募新纪元学院建设与发展基金槟城州工委会及霹雳州百人工委会，有规模、有系统的在地方上发动筹款，成绩斐然。北马人民连同南马等地如柔佛、马六甲、森美兰等州的人民，在全国汇成一股浪潮，通过筹款让建设学院的深远意义深入民心。做到“全力筹款、超越筹款”，真正发挥了群众齐心协力兴办民族高等学府的巨大决心与力量 。

2016年12月30日，新纪元大学获得马来西亚高等教育部批准由学院升格为新纪元大学学院 迎来新的格局。