永恒大学的历史可以追溯到1968年，最初名字叫做永恒学院和永恒医学院。1975年2月5日，永恒黎刹医学院(简称：PHCR)在马尼拉的拉斯皮纳斯的创立，主要学科为医疗科学专业。随着师资力量的不断壮大，永恒黎刹学院逐步整合，于1997年4月20日，经菲律宾高等教育委员会(CHED)正式批准，永恒黎刹学院正式更名为永恒大学(UPHSD),永恒黎刹医学院则更名为永恒大学医学研究中心。

经历50余年的发展壮大，永恒大学现已拥有研究生院、础医学学院、航空学院、海事学院、法学院等22个教学院系，已形成了包括人文科学、社会科学、自然科学、工程与技术科学、管理科学、艺术科学、医学科学等学科门类在内的完备学科体系。