1269年，智者(El Sabio)阿方索十世征服穆尔西亚后，于1269年建立了穆尔西亚学院。不同于其它基督教君主，他除了注重教育，还尊重各种文化。

1272年，圣多明哥皇家修道院落成，在那里开设了东方语言、经文和神学课程，被认为是穆尔西亚大学的前身。

16世纪，穆尔西亚最重要的教育机构是圣埃斯特万耶稣会学院，许多杰出的学者都在那里传道授业，也为穆尔西亚王国培养了无数人才。当时的主教鲁宾-德-塞利斯(Rubín de Celis)以穆尔西亚王国没有大学为由，申请设立高等学位。

19世纪中叶，穆尔西亚建立了第一所文科大学，开设了法律、哲学和医学等学科，虽然只维持了一学期。

1869年，建立了穆尔西亚自由大学，教授法律、哲学和科学，行政上受穆尔西亚省议会控制，学术上由省立学院监督，省立学院的大楼是它们的总部。活跃了四个学年。

1920年，它搬到了卡门研究生院(Escuelas Graduadas del Carmen)大楼，在此期间，许多西班牙的学者在这里任教

1935年，搬到了慈悲老修道院(La Merced)，成为了今天慈悲校区(Campus Merced)的起源。