国父大学创建于1919年，她的前身是由Don Vicente Fabella发起筹办的菲律宾远东大学，1922年学校改名为国父大学，学校也在不久后由原址首都马尼拉的Arlegui大街迁至R. Hidalgo大街，又于1949年学校搬到菲律宾马尼拉大都会的Mandaluyong(曼达卢永市)，即学校如今所在地。在菲律宾被日军占领期间，学校师生因反对日本野蛮殖民统治，参与爱国解放运动，而曾一度被日本占领军关闭，创始人Don Vincente Fabella是第一个获得由美国颁发的会计学证书的菲律宾人，他也是第一个菲律宾注册会计师，国父大学的会计专业也代表了菲律宾的最高水平。特别使国父大学引以为豪的是在1933年取得该校学士学位的Ramon Magsaysay(拉蒙·麦格赛赛)，他后来成为了菲律宾第七任总统。

最初国父学校提供商业和高中学位教育，后来学校逐步开设了小学部，初中部，以及大学部与研究生部，如今国父大学经过近百年的发展，已经发展成为可以提供从小学至博士一体化教育的全面的、综合的、国际化大学。学校有自己主办的学术期刊，其中包括商务、教育和法律类的期刊。

1999年11月，国父大学经菲律宾大学与学院协会鉴定委员会(PACU-COA)鉴定为第3等，并于2000年10月2日被授予独立学位认证权(CHED)，即该校毕业学生的毕业成绩与学位无须经过国家高教委认证，在菲律宾1282所高校中仅有不到4%的顶级大学享此殊荣。菲律宾大学有等级评定，菲律宾高等教育委员根据办学质量，科研水平等多因素定期对菲律宾各高校进行等级评定，从1等到4等，以4等为最高，1等为最低。4等大学仅有德拉萨大学 (De La Salle University)一所，国父大学 Jose Rizal University为第3等，其他3所3等的大学为：菲律宾大学 (University of the Philippines)、雅典耀大学 (Ateneo De Manila University)和东方大学 (University Of The East)。国父大学是菲律宾高等教育委员会重点建设高校，也是中国教育部首批推荐菲律宾高校，受中国教育部留学服务中心认证的菲律宾高等院校 [5] ，中菲两国自2009年签署相互承认高等教育学历和学位的协议，中菲两国学生留学交流越加频繁，随着中国一带一路政策开展，国父大学同国内多所高校加强了联系与互动